此時此刻的主世界。

奧創已經通過信使将秘密入侵的事情通報給了無限森林和高階天堂，可是卻并沒有得到雙方的重視，神聖天女獸和莫斯提獸均認為這又是奧創的什麼伎倆，紛紛無視了這個情報。直到之後的某一天裡發生了那件事，徹底震驚了兩大天使與莫斯提獸他們，與此同時也終于是徹底拉開了秘密入侵的序幕。

那是一個十分平常的早上，神聖天女獸與莫斯提獸在進行了例行的聯絡之後，決定各自派遣一隻小分隊去兩個國家的邊境碰頭，由于無限森林在之前的事件中受到了十分嚴重的損害，因此高階天堂決定為無限森林的國民們提供補給，幫助他們度過難關，這次的碰頭就是為了确定補給的清單。

然而……這兩隻小分隊卻遭遇到了神秘勢力的團滅。

當然，若僅僅是如此還不足以使雙方的高層們震驚，這隻小分隊的成員們都是些成熟期的數碼獸，哪怕是兩三隻完全體都足以團滅他們了，數碼世界高手如雲，其中不乏那些脫離社會關系而存在的獨行俠，因為惹到了他們而被團滅的事件也不止一次兩次了。

真正令他們震驚乃至恐慌的是後面發生的事情……

莫斯提獸派了搜索隊前去搜查，卻從這兩隻隊伍最後的碰面地點帶回了令人難以置信的東西——五具矮小焦黑的屍體。他們死去之後并沒有如同數碼獸那樣數據化，而是将屍體保留了下來，很顯然，這些東西并非是數碼獸，或者并非是純種數碼獸。

與奧創之前所傳遞的信息一模一樣……他們已經遭受了秘密入侵。

僅僅九人的隊伍，就有五具屍體，已經有五個人在不知不覺之間被取代了。

事實擺在眼前，莫斯提獸和兩位至高天使已經無心對這次襲擊的幕後黑手進行調查了，他們不得不接受奧創所提及過的——他們的世界已經被嚴重滲透，這樣一個現實了。

與被取代的數碼獸們完全相同，無論是外貌，能力，亦或是日常舉止行為，乃至是記憶，一切的一切都一模一樣！完全無法區分真假，天知道這樣的入侵是什麼時候開始的，天知道已經有多少人被取代了。

雖然在經過商量之後究極天使獸，神聖天女獸，小醜皇，莫斯提獸和木偶獸一緻決定對民衆們封鎖消息，可信任危機的種子已經悄然埋下，身邊的每個人都不可信，每個人都有可能是冒牌貨。能相信的人……隻有自己。

至此，一場新的災難，已經悄然襲來。

同時，終極世界……

雖然小光對木偶獸之前的反應異常有些懷疑，可當木偶獸再三強調他們的世界沒事之後小光也隻能把這些懷疑給抛到了腦後，他的木偶獸怎麼會騙他呢？