在打敗唯一光撒之後不久，阿爾法獸與黑光等人便回歸了主宇宙，即使他們想在那個世界多停留一陣休息休息也沒有這個機會了，畢竟整個宇宙都已經沒了……而之所以他們不繼續像之前一樣，馬不停蹄的繼續進行狩獵則是由于在這一次的戰鬥中黑光一次性吸收了整個大宇宙外加唯一光撒的龐大數據，數據量得到了空前巨大的提升，因此他必須要花點時間來消化這龐大的數據，并将其轉化為自身的力量，若是不這麼做的話，那麼以他現在的體量而言無異于一枚行走的炸彈，一旦力量暴走，那後果必然是災難性的，至于唯一04位面那些存活下來的數碼獸們，也跟約定好的一樣，跟随着他們一同來到了主宇宙，這也使得這個冷清的世界漸漸熱鬧了起來。

可以說，主宇宙的曆史就是戰争的曆史……最初之時，有主宇宙的黃龍獸在位，鎮壓天地，可是一陣詭異的波動自虛無中來，摧毀了正在逐漸形成的秩序，六顆神秘的無限寶石一同降臨，黃龍獸的時代就此逝去，天下亦開始大亂。

在那之後，最初的數碼獸們分為了高階天堂與烈焰地獄兩個陣營，彼此之間攻伐不斷，千百年來戰火始終沒有熄滅過，人形與獸形之間的矛盾也在那時悄悄埋下了隐患，随着時光的流逝，這樣的矛盾終于是再也無可調和，以最糟糕的形式爆發了，三大天使内戰，高階天堂分裂，基路比獸帶領獸形出走，這才有了後來的無限森林，天堂與地獄雙方均在這場沖突中損失慘重，之後更是有奧創憑空降臨，拉開了奧創紀元的序幕，将整個主宇宙，不，是整個多元宇宙都拉入了一片恐怖之中，當然也是在那時，超越者再現，引導着名為小光的少年降臨此世，這次有了他後來傳奇般的經曆。

此後的主宇宙又先後經曆了光暗大戰，基路比獸叛亂，木偶獸暴走，黑暗虛空入侵，遠征阿撒托斯，小光與啟人，奧創的内戰等等事件，可以說，戰火不但沒有減少反而還越來越多，這樣的主宇宙早就已經被連續不斷的戰火折磨的疲憊不堪了，經曆了這麼多之後，存活下來的數碼獸數量已經十分稀少，最後大家都聚集在了無限森林的世界之樹諾達希爾附近，原本的天堂地獄等地都漸漸變成了荒無人煙之地，至于其餘地方就更不用說了，如此之大的一個世界……卻毫無生氣可言。

不過情況到了現在終于有了改變，首先是小光和木偶獸從創世黃龍的世界回歸之後就帶回了一大批人來，包括了那個世界的四聖獸在内，還有許多其他的數碼獸們，大家都是原本創世黃龍的國家，也就是萬國的居民，自從創世黃龍隕落之後，他們也算是失去了家園，原本美好的天地大同模式的生活也是一去不複返了，他們整天都生活在唯一四聖獸和人類李璇微的陰影之中，那恐怖的玄黃氣息，一卷之下萬物皆無……就是這樣終日看不見希望的日子，直到小光和木偶獸的到來才結束了，這二人帶給他們帶來了一些微小卻難得的安全感，畢竟他們可是跟創世黃龍一起打敗了高階隐秘存在深淵之手的英雄，也隻有他們才有可能抵禦唯一四聖獸和李璇微的再次來襲了。因此，他們幾乎沒有人反對移民到主宇宙來，在這裡，他們也開始了新的生活，很快就和本地的居民們打成了一片，漸漸的遺忘了那些恐怖的回憶……創世黃龍之前十分珍愛，養育的那些花草植物也一并被帶到了主宇宙，種植在了世界之樹諾達希爾之上，由世界之樹為它們提供豐厚的養料，被這個世界的兩大天使和外來的四聖獸一同輪流照顧着，并且由于主宇宙的四聖獸也已經不複存在了，這倒是剛好給了外來的四聖獸提供了位置。