神令病毒爆發的第二百年，一環高牆阻隔内外，牆内是人類的苟且，牆外是神令的猖狂。被視為人類最後希望的“高塔”根據預言瘋狂尋找那位将終結一切的少年，在一片廢墟中，他們找到了奄奄一息的碇真嗣。負責培訓哨兵與向導的聖所幾近絕望，一堵厚到令人難以置信的精神屏障阻絕了他們對這位哨兵的任何探查與研究。為了燃起這最後的火種，聖所登上月球，将塵封百年的冰棺開啟。裡面封存着傳說中的神令使——現存生物中被污染程度最高