秦始皇返回鹹陽時途經吳縣，乘船渡過長江。沿海岸向北到了琅邪。

方士徐巿等人到海中尋找神藥，這麼多年過去仍然沒有找到，他們耗費了大量财物，擔心受到懲罰，就騙秦始皇說：“蓬萊的神藥本來是可以找到的，然而總被大鲛魚所阻撓，所以不能到達蓬萊，希望您派一些擅長射箭的人與我同行，見到大鲛魚就用連弩射它。”

秦始皇開始的時候未必信，但是可能他實在太想長生不死了，居然在夢裡夢到與海神交戰，海神長着人的相貌。秦始皇命人占蔔此夢，博士說：“水神是看不到的，他以大魚和蛟龍為征兆。現在陛下虔誠地禱告和祭祀，卻夢見這樣一個兇神，應當将其除掉，然後善神就能出現了。”

其實這也是這些人糊弄他，術士和博士聯合起來了。于是秦始皇命令海上的人攜帶捕殺大魚的器具，并且自己帶上連弩等待大魚出現時射殺它。從琅邪向北行進到榮成山，都沒有遇見大魚。到了之罘山，終于看見大魚，射死了一條。大魚的說法應驗了，确實是有的，徐巿和博士的話還是可信的，那他們的腦袋就暫時留着吧。于是秦始皇沿海岸西行。

秦始皇到達平原津後就生病了。因為他厭惡說死，群臣沒有一個人敢提到死的事情，當然也不敢提繼承人的問題。後來秦始皇的病情日益加重，于是就寫了一封蓋有禦玺的書信賜給公子扶蘇說：“你回來護送我的靈柩回鹹陽下葬。”這是認命了。也是在确認公子扶蘇的繼承人地位。

書信已經封好，放在掌管符節印玺的中車府令趙高那裡，但是沒有交給使者。七月丙寅日，始皇在沙丘平台去世。

丞相李斯認為皇帝是在外地去世，擔心各位皇子和天下百姓會生出變故，就封鎖了消息，不舉辦喪事。秦始皇的棺材用辒涼車運載，由原來受到寵幸的宦者在車内陪乘，按時進獻飲食。百官也照常奏報政事，宦者總是從辒涼車裡批準他們所奏之事。

秦始皇去世的事情隻有公子胡亥、趙高、李斯和五六個親近的宦者知道。

趙高過去曾經教胡亥學習書法和律令，胡亥私下裡與他很親近。趙高就跟公子胡亥、丞相李斯暗中商議毀掉始皇所封好的賜給公子扶蘇的诏書，而謊稱丞相李斯在沙丘接受秦始皇遺诏，立胡亥為太子。他們又另寫了诏書賜給公子扶蘇、蒙恬，列舉他們的罪狀，命令他們自殺。扶蘇真的自殺了，蒙恬被殺。

這些事情在《李斯列傳》中有記載。

趙高願意立胡亥的原因是他能掌控胡亥，而他說動李斯的理由，是因為一朝天子一朝臣，扶蘇即位後一定會重用蒙恬，這樣李斯就會失掉權勢，甚至可能失掉性命；而如果扶持胡亥，他就能繼續保有權勢富貴。

李斯動心了。然後沒什麼才能的胡亥就被确認為繼承人。

所以說為什麼各朝各代都要立太子呢，繼承人的培育扶植考察是需要花時間的，而政權的順利交接是保障國家穩定的必要。畢竟不是随便什麼阿貓阿狗都幹得了皇帝的差事。

衆人繼續前行，從井陉到達了九原。當時正值暑天，秦始皇的辒涼車散發出腐臭的氣味，李斯以诏書命令随行官員每車載一石鹹魚，用來混淆秦始皇屍臭。一代天子在外面就這麼臭了，大概率爛了，說不定生蛆，然後被收吧收吧撿起來，繼續裝作安然無恙。

衆人經由直道回到鹹陽，這才公布始皇的死訊。太子胡亥承襲帝位，成為二世皇帝。這就是我們平常說的“秦二世”。

這年九月，胡亥主持在郦山安葬了秦始皇（的骸骨）。當年秦始皇剛即位，就開鑿郦山修建自己的陵墓。等到他兼并天下，從全國征發七十多萬刑徒，挖地至三重泉水的深度，用銅汁灌地為外棺，陵墓内部宮室、官署、奇珍、異寶充斥其中。秦始皇還命令工匠制造機關弓弩，一但有人挖開陵墓接近墓室就會遭到射擊。墓室裡用水銀做成江河湖海的樣子，用機關使其相互灌注流通，上方有日月星辰，下方有山川景觀。用人魚的油脂做成蠟燭，以便可以點燃很長時間。整個陵墓奢華高防。

秦二世說：“先帝後宮中沒有兒子的嫔妃，放出宮外不合适。”于是他下令讓她們都為秦始皇殉葬，死去的人非常多。

下葬完畢，有人說工匠制造了機關，對裡面所藏的珍寶很清楚，藏有珍寶的消息恐怕會洩漏出去。喪事辦完以後，把珍寶封藏好以後，又下令把墓道的門關閉起來，把工匠和珍寶都關在裡面，沒有一個人逃出來。又在墳丘上種植草木，使其看上去像山丘一樣。

為了秦始皇的安葬，死了不計其數的人。這裡還有一個主動殉葬的公子高（秦始皇的兒子），秦二世趙高他們逼死公子扶蘇以後，對其他的公子們也不會放過，公子高想過自己跑，跑不跑得了另說，自己的家小一定活不了。所以他主動申請殉葬，然後秦二世樂呵呵答應了，還賜給他十萬錢厚葬，他這一族才在之後的大清洗中得以幸免。

秦二世皇帝元年，胡亥二十一歲。趙高擔任郎中令，受重用執掌政事（秦二世的老師加鐵杆支持者）。秦二世下诏書，增加秦始皇陵寝和宗廟用的牲畜數量，提高對名山大川的祭祀等級，讓群臣議論尊崇秦始皇廟的方法。